草豆蔻丸出自李东垣的《脾胃论》，也被收录于《兰室秘藏·胃脘痛门》，具有温中行气，活血止痛，祛风解热的功效。主治脾胃虚而心火乘之，不能滋荣上焦元气，遇冬季，肾与膀胱寒水正旺之时，在五行之中，金可生水，金为水之母，水为金之子，子可令母实，致肺金大肠相辅而来克心乘脾胃。
此方剂又是《内经》中五运六气的应用，也就是报复之气的产生。脾胃为土，土可生金，金为土之子，脾胃虚，被心火乘之，火旺必然克肺金，肺主皮毛肌表，脾胃主肌肉四肢，又为气血生化之源，故人体皮毛、血脉、分肉之间，元气已绝于外，到冬天寒水旺的季节，对于人体来说，也就是肾与膀胱正旺之时，就要反起而为母报仇，《黄帝内经》说：“大胜必大复，理之常也”。这样，人体内大寒，大燥之气并存而乘，子可令母实，致肺金和大肠金相辅而来克心乘脾胃。
人体内的这种环境，导致人体苦恶风寒，耳鸣，及腰背相引胸中而痛，鼻息不通，鼻不闻香臭，额寒脑痛，头目眩晕，目不欲开，腹中为寒水反乘，痰唾沃沫，食入反出，胃脘常痛，及心胃、胁下缩急，有时而痛，腹不能努，大便多泻而少秘，下气不绝，或腹中鸣，这是脾胃虚到了极点；胸中气乱，心烦不安，而为霍乱之渐，咽膈不通，噎塞，极则有声，喘喝闭塞，只有到了每天阳气正旺之时，或者待在较暖和的房室内，病情才能稍缓，若口内吸到寒凉之气又会复作，四肢厥逆，身体沉重，不能转侧，头不可以回顾，小便溲而时臊等症状。此药就是李东垣为秋冬寒凉之季，大复气而设。
其方药组成为泽泻一分（小便数可减半），柴胡二分或四分（看胁痛轻重多少而用），神曲、姜黄各四分，当归身、生甘草、熟甘草、青皮各六分，桃仁（汤洗，去皮尖）七分，白僵蚕、吴茱萸（汤洗去苦烈味，焙干）、益智仁、黄芪、陈皮、人参各八分，半夏（汤洗七次）一钱，草豆蔻仁（面裹烧，面熟为度，去皮用仁）一钱四分，麦芽（面炒黄）一钱五分。上除桃仁另研如泥外，其余捣为细末，同研匀，汤浸，蒸饼为丸，如梧桐子大，每服五、七十丸，白汤下，食远服。本证表现较为复杂，其病机为脾胃虚寒，故用草豆蔻仁、吴茱萸、益智仁、半夏温中止痛和胃，神曲、麦面消食和中，黄芪、人参、熟甘草益气健脾，青皮、陈皮、姜黄、当归身、桃仁理气活血止痛，柴胡、白僵蚕祛风通络，生甘草清热补中，泽泻渗湿利水。
李东垣以草豆蔻丸命名的方剂，还有出自于《内外伤辨惑论》之中，但其组成不同，具有温中健脾，理气和胃的功效，主治秋冬伤寒冷物，胃脘当心而痛，上肢两胁，膈咽不通。其组成为草豆蔻(面裹煨，去皮，取仁)、枳实(麸炒黄色)、白术各一两，大麦芽(面炒黄色)、半夏(汤洗七次，晒干)、黄芩(刮去皮，生)、神曲(炒黄色)各五钱，干生姜、橘皮、青皮各二钱，炒盐五分。上为细末，汤浸蒸饼为丸，如绿豆大。每服五十丸，白汤送下。李东垣在方后说：“如冬月用，别作—药。不用黄芩，岁火不及，又伤冷物，加以温剂，是其治也。然有热物伤者，从权以寒药治之，随时之宜，不可不知也”。也就是说黄芩在冬月不用，或者这一年是岁火不及的年份也不用（如癸亥年……等），其原因是怕再伤心阳。如果在冬天被热物所伤也可以用，这叫从权，意思是暂时用。其实此方妙在用黄芩，所以不必去掉。
总之，同为草豆蔻丸，前方主治脾胃气虚，恶风怕寒，耳鸣，腰背疼痛，鼻息不通，不闻香臭，额寒脑痛，目眩，食入反出，心胃疼痛，咽膈不通，四肢厥逆，身体沉重，不能转侧，头项转动不利等。后方主治秋冬伤寒冷物，胃脘当心而痛，上肢两胁，膈咽不通。同为秋冬季之药，也不可不区分。